これについて事業所税か課税されるかについては、従来から課税関係が複雑なため明確にされていない部分も多かったのですが、現在は以下のような手順で判断されます。（東京都のケース）

１）まず収益事業を行っていない法人、これについて事業所税は課税されません

２）つぎに収益事業をおこなっているが指定管理対象となっている施設が、「老人福祉施設」や「生活保護施設」「障害者自立支援施設」など、法令で定められた特定の施設に用いられている場合、そこに従事する人員については、事業所税の課税対象としてカウントされません

３）利用料金を徴収してない施設（つまり料金を徴収し経営しているケースでない場合）は、減免措置を受けられる場合があります

ここでいう「利用料金」とは、施設利用への対価であり、たとえば収支が精算されて最終的には損益が法人にのこらない場合は、「利用料金」に入らないことになっています

実態判断がともなうため複雑なのと、自治体によって取扱が違いますので、各法人で個別に対応してもらったほうがいいとおもいます。