多くの社会福祉法人では、予算管理の都合上税込経理を採用しているとおもわれます。税込経理によれば、期末に消費税相当額が「租税公課」として認識されるため、これをどの会計（経理区分）に負担させるかが問題となります。
消費税の負担額については、「合理的な基準」によることになります。各経理区分で発生した課税標準額（課税売上高）などが一応の基準として考えられます。
当然のことながら、自主事業で発生した消費税は法人が負担すべきものであり、委託事業の精算などに含めてはいけません。
東京都の監査でも、このような指摘があります。
社会福祉法人東京都社会福祉事業団は、都の委託事業と事業団の自主事業について５つの特別会計を設けて経理している。
このうち、消費税の会計処理を見たところ、事業団の自主事業の経費として負担すべき消費税を、誤って都の委託事業の経費としており、事業団が負担すべき消費税を都からの委託費で支払っている。参照ＨＰ
